Первый коммерческий суд в современном понимании этого слова был учреждён в 1808 году в Одессе.

Коммерческие суды действовали вплоть до 1917 года. Декретом о суде № 1 советской власти они были упразднены. Все споры, возникавшие между казёнными организациями, предприятиями и учреждениями, решались в административном порядке. 21 сентября 1922 года утверждено Положение о порядке разрешения имущественных споров между государственными учреждениями и предприятиями. Согласно этому Положению в Карелии до 1931 года действовала арбитражная комиссия.

3 мая 1931 года утверждено Положение о Государственном арбитраже.

В нём указывалось, что Госарбитраж "учреждается для разрешения имущественных споров между учреждениями, предприятиями и организациями обобществлённого сектора в направлении, обеспечивающем укрепление плановой и договорной дисциплины и хозяйственного расчёта".

В связи со значительным увеличением количества дел, поступающих на рассмотрение Госарбитража (так с 17 мая по 17 ноября 1932 года в Госарбитраж поступило 760 дел), 16 декабря 1932 года Совет Народных Комиссаров КАССР принял Постановление № 901, которым было утверждено штатное расписание Госарбитража в количестве 4 человек.

26 декабря Постановлением СНК № 938 на должность Главарбитра при СНК КАССР на освобождённой основе был назначен тов. Чирков.

Тогда Госарбитраж при СНК КАССР располагался в одном из старейших зданий города на площади 25-го Октября (в 1924 году - переименована в площадь Ленина).

В 1991 году Госарбитражу были выделены помещения в здании Верховного Совета Республики Карелия на улице Куйбышева.

13 ноября 1991 года Верховный Совет Республики Карелия принял Постановление "Об образовании Высшего арбитражного Суда Республики Карелия".

Этим же постановлением в соответствии с Законом РСФСР "Об арбитражном суде" от 4 июля 1991 года созданному суду были переданы полномочия по осуществлению судопроизводства, имущество Государственного арбитража. И, хотя, первые судебные акты появились позднее, именно 13 ноября 1991 года мы и считаем днём рождения нашего суда.

С 1995 года и по настоящее время Арбитражный суд Республики Карелия занимает здание, расположенное по улице Красноармейской, дом 24а.

В настоящее время в суде трудится 32 судья. Трем судьям присвоено звание "Заслуженный юрист Российской Федерации", а шесть судей имеют звание "Заслуженный юрист Республики Карелия".

В аппарате суда - 92 государственных служащих. Из них - 65 имеют высшее юридическое, а 20 - иное высшее образование.